三特许经营协议的签订：
在发出中标通知书后，招标人与中标人就工程质量、经营期限、违约责任等进行进一步澄清和谈判，确认其投标书的承诺。中标人根据其投标书中的承诺期间内完成融资交割、项目公司注册，并且在设计文件经过批准后与招标人正式签订特许经营协议。
四建设：
投资商在特许经营协议签订后，按照协议的规定组织进行设计、施工，通过规定的竣工验收并取得竣工验收报告。
五运营：
项目完工后，投资商全权负责该项目的经营管理，在此期间向项目使用者收取合理费用以获得投资收益，但同时应对项目设施进行必要的维护及保养。
六移交：
特许经营权期满后，投资商将项目完好无偿地移交给政府，并且无保留地转让各项技术，以保证项目转让后能够正常运行。
    在建设城市污水处理厂中采用BOT模式的优点是显而易见的。其一对政府而言，BOT项目最大的吸引力在于，它可以融通社会资金来建设污水处理厂，也就是建设资金全部由投资方来解决，政府无需担保，也不用担心要承诺支付项目借款，这样不但减轻了政府的财政压力，也不会增加政务的债务负担。其二，以前一直由政府垄断的污水处理产业的经营管理落后、缺乏竞争意识，工作效率低的经营状态，势必会被BOT模式所转变，激励企业用更积极的工作态度、更先进的管理水平、更科学的管理方法，同时引进高科技做为强有力的支撑，来为自己创造更大的经济效益。
近几年，以BOT模式兴建的污水处理厂似雨后春笋般在全国遍地开花。采用此方式，有效地促进了污水处理产业的发展。但在其迅速发展的背后，潜在着许多的风险和危机。下面谈谈污水处理厂BOT运作中存在的问题以及对于投资商所要面临的风险。
    来自投资商的问题是：素质不一、市场混乱。污水处理工程的BOT运作，许多投资商把其看成一块巨大的“蛋糕”，一旦有该项目的招投标，立即蜂拥而上。但有些具有污水处理和营运经验，有些则根本没接触过环保，大家都集中在BOT市场上角逐，造成污水处理市场的混乱。污水处理厂是城市一项非常重要的市政公益工程，因此，如果要想充分发挥BOT的优势把工程干好，那么一定要把项目交与一个有资质、高诚信的投资商。
    来自运作中的问题：操作不规范，运作困难。BOT方式运作污水处理工程是一项涉及面较广的系统工程，在法律上国家还没有一部具有权威性质的法规对其加以规范，所执行的法律条文大都内容简单不很完善，也未涉足诸多疑难问题。而签订的合同，千差万别，有的责权不清、责任不明，有的甚至违反国家的政策和法律。